Last updated on 2025-04-12 22:52:41 CEST.
| Package | ERROR | OK |
|---|---|---|
| PaRe | 14 | |
| TreatmentPatterns | 1 | 13 |
Current CRAN status: OK: 14
Current CRAN status: ERROR: 1, OK: 13
Version: 3.0.2
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [96s/60s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> # This file is part of the standard setup for testthat.
> # It is recommended that you do not modify it.
> #
> # Where should you do additional test configuration?
> # Learn more about the roles of various files in:
> # * https://r-pkgs.org/tests.html
> # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files
>
> library(testthat)
> library(TreatmentPatterns)
>
> test_check("TreatmentPatterns")
Starting 2 test processes
[ FAIL 21 | WARN 0 | SKIP 61 | PASS 83 ]
══ Skipped tests (61) ══════════════════════════════════════════════════════════
• Eunomia [2.0.0] bug (7): 'test-CDMInterfaceDBC.R:6:3',
'test-CDMInterfaceDBC.R:24:3', 'test-CDMInterfaceDBC.R:53:3',
'test-CDMInterfaceDBC.R:80:3', 'test-CDMInterfaceDBC.R:117:3',
'test-computePathways.R:8:3', 'test-computePathways.R:53:3'
• On CRAN (45): 'test-CDMInterface.R:7:3', 'test-export.R:314:3',
'test-export.R:381:3', 'test-export.R:428:3', 'test-export.R:470:3',
'test-export.R:514:3', 'test-export.R:589:3', 'test-export.R:657:3',
'test-export.R:685:3', 'test-pathwaysLogical.R:8:3',
'test-pathwaysLogical.R:50:3', 'test-pathwaysLogical.R:94:3',
'test-pathwaysLogical.R:138:3', 'test-pathwaysLogical.R:182:3',
'test-pathwaysLogical.R:225:3', 'test-pathwaysLogical.R:270:3',
'test-pathwaysLogical.R:315:3', 'test-pathwaysLogical.R:359:3',
'test-pathwaysLogical.R:403:3', 'test-pathwaysLogical.R:447:3',
'test-pathwaysLogical.R:491:3', 'test-pathwaysLogical.R:535:3',
'test-pathwaysLogical.R:579:3', 'test-pathwaysLogical.R:624:3',
'test-pathwaysLogical.R:669:3', 'test-pathwaysLogical.R:712:3',
'test-pathwaysLogical.R:756:3', 'test-pathwaysLogical.R:800:3',
'test-pathwaysLogical.R:845:3', 'test-pathwaysLogical.R:887:3',
'test-pathwaysLogical.R:929:3', 'test-pathwaysLogical.R:971:3',
'test-pathwaysLogical.R:1013:3', 'test-pathwaysLogical.R:1055:3',
'test-pathwaysLogical.R:1098:3', 'test-pathwaysLogical.R:1144:3',
'test-pathwaysLogical.R:1188:3', 'test-pathwaysLogical.R:1232:3',
'test-pathwaysLogical.R:1276:3', 'test-pathwaysLogical.R:1322:3',
'test-pathwaysLogical.R:1369:3', 'test-pathwaysLogical.R:1416:3',
'test-pathwaysLogical.R:1462:3',
'test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:19:3',
'test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:225:3'
• On Linux (1): 'test-computePathways.R:720:3'
• ableToRun()$CG is not TRUE (7): 'test-executeTreatmentPatterns.R:9:3',
'test-export.R:29:3', 'test-export.R:98:3', 'test-export.R:148:3',
'test-export.R:192:3', 'test-export.R:236:3',
'test-multipleCohortTables.R:67:3'
• require("DatabaseConnector", quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE, (1):
'test-TreatmentPatternsResults.R:151:3'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
── Error ('test-CDMInterfaceCDMC.R:30:3'): (code run outside of `test_that()`) ──
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: ℹ In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-CDMInterfaceCDMC.R:30:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-TreatmentPatternsResults.R:3:3'): Method: new(data.frame) ──────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'integer'
Backtrace:
▆
1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-TreatmentPatternsResults.R:3:3
2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
5. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
6. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
7. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
8. │ ├─dplyr::collect(...)
9. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
10. │ ├─dplyr::collect(x)
11. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
12. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
13. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
19. │ └─dbplyr::sql_render(...)
20. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
21. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
22. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
23. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
24. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
25. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
26. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
27. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
28. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
29. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
30. │ └─dbplyr::sql_render(...)
31. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
32. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
33. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
34. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
35. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
36. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
37. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
38. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
39. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
40. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
41. │ └─dbplyr::sql_render(...)
42. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
43. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
44. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
45. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
46. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
47. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
48. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
50. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
51. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
52. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
53. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
54. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
55. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
56. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
57. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
58. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
59. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
60. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
61. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
62. │ └─base::ifelse(...)
63. └─base::.handleSimpleError(...)
64. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
65. └─cli::cli_abort(...)
66. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-executeTreatmentPatterns.R:28:3'): CDMConnector ────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'integer'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-executeTreatmentPatterns.R:28:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-export.R:21:3'): empty treatmentHistory table ──────────────────
Error in `ans[npos] <- rep(no, length.out = len)[npos]`: Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'integer'
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_message(...) at test-export.R:21:3
2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
3. │ └─testthat:::quasi_capture(...)
4. │ ├─testthat (local) .capture(...)
5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
6. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
7. ├─TreatmentPatterns::export(localAndromeda, outputPath = tempDirLocal)
8. │ └─... %>% dplyr::pull()
9. ├─dplyr::pull(.)
10. └─dbplyr:::pull.tbl_sql(.)
11. ├─dplyr::collect(.data)
12. └─dbplyr:::collect.tbl_sql(.data)
13. └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
14. ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
15. └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
16. ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
17. └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
18. ├─dbplyr::sql_render(...)
19. └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
20. ├─dbplyr::sql_build(query, con = con, sql_options = sql_options)
21. └─dbplyr:::sql_build.lazy_select_query(query, con = con, sql_options = sql_options)
22. └─dbplyr:::get_select_sql(...)
23. └─dbplyr::sql_vector(...)
24. └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
25. └─base::ifelse(...)
── Error ('test-multipleCohortTables.R:25:3'): multiple cohort_tables ──────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'integer'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at test-multipleCohortTables.R:25:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:339:3'): Events outside target ──
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'integer'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:339:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:32:3'): computePathways CDMConnector ─────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:32:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:78:3'): includeTreatments ────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:78:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:122:3'): indexDateOffset ─────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:122:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:177:3'): minEraDuration ──────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:177:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:192:3'): splitEventCohorts ───────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:192:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:230:3'): splitTime ───────────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:230:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:245:3'): eraCollapseSize ─────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:245:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:277:3'): combinationWindow ───────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:277:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:311:3'): minPostCombinationDuration: 30 ──────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:311:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:403:3'): filterTreatments ────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:403:3
2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
3. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
4. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
5. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
6. │ ├─dplyr::collect(...)
7. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
8. │ ├─dplyr::collect(x)
9. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
10. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
11. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
13. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
17. │ └─dbplyr::sql_render(...)
18. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
19. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
20. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
21. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
22. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
23. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
24. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
25. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
26. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
27. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
28. │ └─dbplyr::sql_render(...)
29. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
30. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
31. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
32. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
33. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
34. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
35. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
36. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
37. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
38. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
39. │ └─dbplyr::sql_render(...)
40. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
41. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
43. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
44. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
45. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
46. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
50. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
51. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
52. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
53. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
54. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
55. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
56. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
58. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
59. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
60. │ └─base::ifelse(...)
61. └─base::.handleSimpleError(...)
62. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
63. └─cli::cli_abort(...)
64. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:576:3'): FRFS combination ────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:576:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:629:3'): LRFS combination ────────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:629:3
2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
3. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
4. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
5. │ ├─dplyr::collect(...)
6. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
7. │ ├─dplyr::collect(x)
8. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
9. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
10. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
11. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
12. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
13. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
14. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
15. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
16. │ └─dbplyr::sql_render(...)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
19. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
20. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
21. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
22. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
23. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
24. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
25. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
26. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
27. │ └─dbplyr::sql_render(...)
28. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
29. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
30. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
31. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
32. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
33. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
34. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
35. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
36. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
37. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
38. │ └─dbplyr::sql_render(...)
39. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
40. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
41. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
42. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
43. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
44. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
45. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
46. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
47. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
48. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
49. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
50. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
51. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
52. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
53. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
54. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
55. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
56. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
57. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
58. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
59. │ └─base::ifelse(...)
60. └─base::.handleSimpleError(...)
61. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
62. └─cli::cli_abort(...)
63. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:662:3'): No target records ───────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:662:3
2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
5. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
6. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
7. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
8. │ ├─dplyr::collect(...)
9. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
10. │ ├─dplyr::collect(x)
11. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
12. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
13. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
19. │ └─dbplyr::sql_render(...)
20. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
21. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
22. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
23. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
24. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
25. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
26. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
27. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
28. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
29. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
30. │ └─dbplyr::sql_render(...)
31. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
32. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
33. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
34. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
35. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
36. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
37. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
38. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
39. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
40. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
41. │ └─dbplyr::sql_render(...)
42. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
43. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
44. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
45. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
46. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
47. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
48. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
50. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
51. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
52. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
53. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
54. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
55. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
56. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
57. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
58. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
59. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
60. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
61. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
62. │ └─base::ifelse(...)
63. └─base::.handleSimpleError(...)
64. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
65. └─cli::cli_abort(...)
66. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:682:3'): Empty cohort table ──────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:682:3
2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
5. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
6. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
7. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
8. │ ├─dplyr::collect(...)
9. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
10. │ ├─dplyr::collect(x)
11. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
12. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
13. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
19. │ └─dbplyr::sql_render(...)
20. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
21. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
22. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
23. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
24. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
25. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
26. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
27. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
28. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
29. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
30. │ └─dbplyr::sql_render(...)
31. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
32. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
33. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
34. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
35. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
36. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
37. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
38. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
39. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
40. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
41. │ └─dbplyr::sql_render(...)
42. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
43. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
44. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
45. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
46. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
47. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
48. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
50. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
51. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
52. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
53. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
54. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
55. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
56. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
57. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
58. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
59. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
60. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
61. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
62. │ └─base::ifelse(...)
63. └─base::.handleSimpleError(...)
64. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
65. └─cli::cli_abort(...)
66. └─rlang::abort(...)
── Error ('test-computePathways.R:704:3'): No target defined ───────────────────
<purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
Backtrace:
▆
1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:704:3
2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at tests/testthat/helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
5. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
6. │ └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
7. │ └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
8. │ ├─dplyr::collect(...)
9. │ └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
10. │ ├─dplyr::collect(x)
11. │ └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
12. │ └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
13. │ ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
14. │ └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
15. │ ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
16. │ └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
17. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
18. │ └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
19. │ └─dbplyr::sql_render(...)
20. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
21. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
22. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
23. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
24. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
25. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
26. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
27. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
28. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
29. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
30. │ └─dbplyr::sql_render(...)
31. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
32. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
33. │ ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
34. │ │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
35. │ │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
36. │ │ └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
37. │ │ ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
38. │ │ └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
39. │ │ └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
40. │ │ └─dbplyr::is.sql(x)
41. │ └─dbplyr::sql_render(...)
42. │ ├─dbplyr::sql_render(...)
43. │ └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
44. │ └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
45. │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
46. │ ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
47. │ └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
48. │ ├─dbplyr::sql_query_select(...)
49. │ └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
50. │ └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
51. │ └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
52. │ └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
53. │ └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
54. │ ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
55. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
56. │ ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
57. │ └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
58. │ ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
59. │ └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
60. │ └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
61. │ └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
62. │ └─base::ifelse(...)
63. └─base::.handleSimpleError(...)
64. └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
65. └─cli::cli_abort(...)
66. └─rlang::abort(...)
[ FAIL 21 | WARN 0 | SKIP 61 | PASS 83 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc
These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.
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