CRAN Package Check Results for Maintainer ‘Sam Wilson <samwilson303 at gmail.com>’

Last updated on 2025-12-04 09:50:32 CET.

Package	ERROR	NOTE	OK
miceRanger		2	11
ParBayesianOptimization	2	2	9

Package miceRanger

Current CRAN status: NOTE: 2, OK: 11

Version: 1.5.0
Check: CRAN incoming feasibility
Result: NOTE Maintainer: ‘Sam Wilson <samwilson303@gmail.com>’ The Description field contains model by Stekhoven and Buhlmann <arXiv:1105.0828> to impute missing Please refer to arXiv e-prints via their arXiv DOI <doi:10.48550/arXiv.YYMM.NNNNN>. Flavors: r-devel-linux-x86_64-debian-clang, r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Package ParBayesianOptimization

Current CRAN status: ERROR: 2, NOTE: 2, OK: 9

Version: 1.2.6
Check: CRAN incoming feasibility
Result: NOTE Maintainer: ‘Samuel Wilson <samwilson303@gmail.com>’ The Description field contains al. <arXiv:1206.2944>. The package allows the user to run scoring Please refer to arXiv e-prints via their arXiv DOI <doi:10.48550/arXiv.YYMM.NNNNN>. Flavors: r-devel-linux-x86_64-debian-clang, r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.2.6
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR Error(s) in re-building vignettes: --- re-building ‘functionMaximization.Rmd’ using rmarkdown 2.262 seconds Starting Epoch 1 1) Fitting Gaussian Process... 2) Running local optimum search... 1.43 seconds 3) Running FUN 1 times in 1 thread(s)... 0.964 seconds Starting Epoch 2 1) Fitting Gaussian Process... 2) Running local optimum search... 3.028 seconds 3) Running FUN 1 times in 1 thread(s)... 1.075 seconds [WARNING] Deprecated: --highlight-style. Use --syntax-highlighting instead. --- finished re-building ‘functionMaximization.Rmd’ --- re-building ‘multiPointSampling.Rmd’ using rmarkdown --- finished re-building ‘multiPointSampling.Rmd’ --- re-building ‘tuningHyperparameters.Rmd’ using rmarkdown 6.585 seconds max_depth min_child_weight subsample errorMessage <num> <num> <num> <char> 1: 9 5.863591 0.2585819 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 2: 4 10.154185 0.5230172 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 3: 6 24.487949 0.8622225 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 4: 2 17.988070 0.6821260 FUN returned these elements with length > 1: nrounds Quitting from tuningHyperparameters.Rmd:107-116 [unnamed-chunk-4] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ <error/rlang_error> Error in `bayesOpt()`: ! Errors encountered in initialization are listed above. --- Backtrace: ▆ 1. └─ParBayesianOptimization::bayesOpt(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'tuningHyperparameters.Rmd' failed with diagnostics: Errors encountered in initialization are listed above. --- failed re-building ‘tuningHyperparameters.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘tuningHyperparameters.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang

Version: 1.2.6
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR Error(s) in re-building vignettes: --- re-building ‘functionMaximization.Rmd’ using rmarkdown 4.03 seconds Starting Epoch 1 1) Fitting Gaussian Process... 2) Running local optimum search... 1.995 seconds 3) Running FUN 1 times in 1 thread(s)... 1 seconds Starting Epoch 2 1) Fitting Gaussian Process... 2) Running local optimum search... 3.985 seconds 3) Running FUN 1 times in 1 thread(s)... 2.461 seconds [WARNING] Deprecated: --highlight-style. Use --syntax-highlighting instead. --- finished re-building ‘functionMaximization.Rmd’ --- re-building ‘multiPointSampling.Rmd’ using rmarkdown --- finished re-building ‘multiPointSampling.Rmd’ --- re-building ‘tuningHyperparameters.Rmd’ using rmarkdown 26.147 seconds max_depth min_child_weight subsample errorMessage <num> <num> <num> <char> 1: 9 5.863591 0.2585819 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 2: 4 10.154185 0.5230172 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 3: 6 24.487949 0.8622225 FUN returned these elements with length > 1: nrounds 4: 2 17.988070 0.6821260 FUN returned these elements with length > 1: nrounds Quitting from tuningHyperparameters.Rmd:107-116 [unnamed-chunk-4] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ <error/rlang_error> Error in `bayesOpt()`: ! Errors encountered in initialization are listed above. --- Backtrace: ▆ 1. └─ParBayesianOptimization::bayesOpt(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'tuningHyperparameters.Rmd' failed with diagnostics: Errors encountered in initialization are listed above. --- failed re-building ‘tuningHyperparameters.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘tuningHyperparameters.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc