Last updated on 2025-02-23 19:51:24 CET.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 4.0.3 | 12.69 | 256.75 | 269.44 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 4.0.3 | 7.53 | 160.93 | 168.46 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 4.0.3 | 438.98 | ERROR | |||
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 4.0.3 | 436.22 | ERROR | |||
| r-devel-macos-arm64 | 4.0.3 | 105.00 | OK | |||
| r-devel-macos-x86_64 | 4.0.3 | 267.00 | OK | |||
| r-devel-windows-x86_64 | 4.0.3 | 12.00 | 218.00 | 230.00 | OK | |
| r-patched-linux-x86_64 | 4.0.3 | 11.08 | 238.59 | 249.67 | OK | |
| r-release-linux-x86_64 | 4.0.3 | 10.46 | 241.78 | 252.24 | OK | |
| r-release-macos-arm64 | 4.0.3 | 112.00 | NOTE | |||
| r-release-macos-x86_64 | 4.0.3 | 170.00 | OK | |||
| r-release-windows-x86_64 | 4.0.3 | 13.00 | 222.00 | 235.00 | OK | |
| r-oldrel-macos-arm64 | 4.0.3 | 115.00 | OK | |||
| r-oldrel-macos-x86_64 | 4.0.3 | 294.00 | OK | |||
| r-oldrel-windows-x86_64 | 4.0.3 | 16.00 | 308.00 | 324.00 | OK |
Version: 4.0.3
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat_tests.R’ [275s/429s]
Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(WeMix)
Loading required package: lme4
Loading required package: Matrix
WeMix v4.0.3
> test_check('WeMix')
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
• On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).
1/1 mismatches
[1] 1.17 - 0.889 == 0.277
── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).
1/1 mismatches
[1] -903 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.
3/3 mismatches (average diff: 208)
[1] 589 - 589 == -0.155
[2] 33 - 589 == -556.436
[3] 657 - 589 == 67.066
── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847
Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169
── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2) not equal to predict(wm2).
179/179 mismatches (average diff: 1.92)
[1] 318 - 319 == -0.519
[2] 333 - 331 == 1.434
[3] 361 - 358 == 3.630
[4] 260 - 251 == 8.104
[5] 239 - 249 == -9.750
[6] 218 - 215 == 2.492
[7] 325 - 324 == 1.032
[8] 357 - 357 == 0.786
[9] 333 - 334 == -0.669
...
── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).
179/180 mismatches (average diff: 1.78)
[1] 327 - 328 == -0.697
[2] 249 - 250 == -1.000
[3] 333 - 334 == -0.669
[4] 306 - 307 == -0.266
[5] 246 - 250 == -3.798
[6] 248 - 250 == -1.815
[7] 219 - 221 == -1.697
[8] 398 - 392 == 6.228
[9] 323 - 323 == 0.320
...
── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107
── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
4/4 mismatches (average diff: 283)
[1] 193.1 - 564 == -371
[2] 28.3 - 564 == -536
[3] 438.1 - 564 == -126
[4] 664.6 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -873 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
1/2 mismatches
[1] 252 - 252 == -0.313
── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 665 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233
Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736
── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234
── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 303)
[1] 1599 - 1045 == 553.8
[2] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1094 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285
── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -897 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
3/3 mismatches (average diff: 207)
[1] 423 - 734 == -311.3
[2] 755 - 474 == 281.0
[3] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1348 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
2/2 mismatches (average diff: 0.114)
[1] 245.8 - 246.0 == -0.2088
[2] 12.4 - 12.4 == -0.0196
── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lmr).
1/2 mismatches
[1] 250 - 250 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).
1/2 mismatches
[1] 297 - 298 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 4.0.3
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat_tests.R’ [265s/345s]
Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(WeMix)
Loading required package: lme4
Loading required package: Matrix
WeMix v4.0.3
> test_check('WeMix')
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
• On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).
1/1 mismatches
[1] 1.17 - 0.889 == 0.277
── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).
1/1 mismatches
[1] -903 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.
3/3 mismatches (average diff: 208)
[1] 589 - 589 == -0.155
[2] 33 - 589 == -556.436
[3] 657 - 589 == 67.066
── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847
Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169
── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2) not equal to predict(wm2).
179/179 mismatches (average diff: 1.92)
[1] 318 - 319 == -0.519
[2] 333 - 331 == 1.434
[3] 361 - 358 == 3.630
[4] 260 - 251 == 8.104
[5] 239 - 249 == -9.750
[6] 218 - 215 == 2.492
[7] 325 - 324 == 1.032
[8] 357 - 357 == 0.786
[9] 333 - 334 == -0.669
...
── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).
179/180 mismatches (average diff: 1.78)
[1] 327 - 328 == -0.697
[2] 249 - 250 == -1.000
[3] 333 - 334 == -0.669
[4] 306 - 307 == -0.266
[5] 246 - 250 == -3.798
[6] 248 - 250 == -1.815
[7] 219 - 221 == -1.697
[8] 398 - 392 == 6.228
[9] 323 - 323 == 0.320
...
── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107
── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
4/4 mismatches (average diff: 283)
[1] 193.1 - 564 == -371
[2] 28.3 - 564 == -536
[3] 438.1 - 564 == -126
[4] 664.6 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -873 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
1/2 mismatches
[1] 252 - 252 == -0.313
── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 665 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233
Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736
── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234
── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 303)
[1] 1599 - 1045 == 553.8
[2] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1094 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285
── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -897 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
3/3 mismatches (average diff: 207)
[1] 423 - 734 == -311.3
[2] 755 - 474 == 281.0
[3] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1348 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
2/2 mismatches (average diff: 0.114)
[1] 245.8 - 246.0 == -0.2088
[2] 12.4 - 12.4 == -0.0196
── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lmr).
1/2 mismatches
[1] 250 - 250 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).
1/2 mismatches
[1] 297 - 298 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc
Version: 4.0.3
Check: package dependencies
Result: NOTE
Package suggested but not available for checking: ‘glmmTMB’
Flavor: r-release-macos-arm64
These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.
Health stats visible at Monitor.