The hardware and bandwidth for this mirror is donated by dogado GmbH, the Webhosting and Full Service-Cloud Provider. Check out our Wordpress Tutorial.
If you wish to report a bug, or if you are interested in having us mirror your free-software or open-source project, please feel free to contact us at mirror[@]dogado.de.
Het doel van twn is tweeledig. Ten eerste maakt twn het eenvoudig om de TWN-lijst in R te kunnen raadplegen en gebruiken. Ten tweede heeft twn diverse functies die het gemakkelijk maken om de TWN-lijst te gebruiken bij de analyse van ecologische data.
De website voor twn is te vinden op https://redtent.github.io/twn/
‘twn’ is te installeren vanaf CRAN.
install.packages("twn")De ontwikkelversie is te installeren van GitHub met:
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("RedTent/twn")twn bevat de complete TWN-lijst (twn_lijst). De
datum van de TWN-lijst wordt getoond bij het laden van de package.
library(twn)
#> twn gebruikt de TWN-lijst van 2023-06-20
dplyr::glimpse(twn_lijst)
#> Rows: 28,044
#> Columns: 11
#> $ taxontype <chr> "Macrophytes", "Macrophytes", "Macrophytes", "Macrophytes",…
#> $ taxonname <chr> "Abies", "Abies alba", "Abies concolor", "Abies nordmannian…
#> $ author <chr> "P. Miller 1754", "C. Linnaeus 1753", "(G. Gordon et R. Gle…
#> $ taxongroup <chr> "Gymnospermae", "Gymnospermae", "Angiospermae", "Gymnosperm…
#> $ taxonlevel <ord> Genus, Species, Species, Species, Species, Species, Species…
#> $ parentname <chr> "Pinaceae", "Abies", "Abies", "Abies", "Abies", "Abies", NA…
#> $ refername <chr> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,…
#> $ literature <chr> "M0001", "M0001", NA, "M0001", NA, "M0001", "M0001", "I0280…
#> $ localname <chr> NA, "Gewone zilverspar", NA, "Kaukasische zilverspar", NA, …
#> $ date <date> 2009-09-11, 2009-12-17, 2009-12-04, 2009-12-17, 2009-12-04…
#> $ status <chr> "10", "10", "10", "10", "10", "10", "91", "10", "10", "10",…
attr(twn_lijst, "datum_twn_lijst")
#> [1] "2023-06-20"De twn_lijst bevat de complete TWN-lijst. De
twn_info-functies (twn_*) maken het makkelijk om informatie
uit de TWN-lijst op te zoeken op basis van de taxonnaam.
twn_status(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "20" "10"
twn_voorkeurnaam(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Epidalea calamita" "Bufo bufo"
twn_parent(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Epidalea" "Bufo"
twn_localname(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Rugstreeppad" "Gewone pad"
twn_taxonlevel(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] Species Species
#> 36 Levels: Subforma < Forma < Varietas < Subspecies < Cultivar < ... < Superimperium
twn_taxontype(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Amphibia" "Amphibia"
# taxonlevels zijn een geordende factor. Zo is het makkelijk om
# alles boven of onder een bepaald taxonomisch niveau te filteren.De functies is_twn en is_valid_twn kunnen
gebruikt worden om te controleren of taxa voorkomen in de TWN-lijst. Ook
kan worden gecheckt of ze een geldige statuscode hebben.
taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo bufo", "Bufo", "Ezel", NA)
is_twn(taxa)
#> [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
# Een taxon uit de TWN met status 91 (TWN error do not use)
invalid <- "Abies veitchii 1861"
is_twn(invalid)
#> [1] TRUE
is_valid_twn(invalid)
#> [1] FALSENaast de controle is het mogelijk om te controleren op verschillende eigenschappen van elk taxon zoals het taxontype, het taxonlevel en de status.
is_taxontype(c("Bufo bufo", "Abies"), "Amphibia")
#> [1] TRUE FALSE
is_taxonlevel(c("Bufo bufo", "Bufo"), "Species")
#> [1] TRUE FALSE
is_status(c("Bufo bufo", "Bufo calamita"), "10")
#> [1] TRUE FALSEIn sommige gevallen is het handig om soorten te aggregeren naar
hogere taxonlevels. twn heeft twee functies die hierbij kunnen
helpen: increase_taxonlevel aggregeert naar een
gespecificeerd niveau, match_parent aggreggeert o.b.v. een
referentielijst. Deze laatste functie is nuttig om soortenlijsten te
kunnen matchen. Dit is handig bij het gebruik van ecologische maatlatten
en autecologische data.
taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo bufo", "Bufo", "Ezel", NA)
referentie_taxa <- c("Bufonidae", "Epidalea")
increase_taxonlevel(taxa, "Familia")
#> [1] "Bufonidae" "Bufonidae" "Bufonidae" "Ezel" NA
match_parent(taxa = taxa, ref_taxa = referentie_taxa)
#> [1] "Epidalea" "Bufonidae" "Bufonidae" NA NASoms kan het handig zijn om eeen overzicht te maken van de taxa die
onder een bepaald ’parent’taxon aanwezig zijn. Dit kan worden gedaan met
de functie twn_children.
# Welke taxa vallen er onder de familie van de kranswieren (Characeae)?
twn_children("Characeae")
#> [1] "Chara" "Chara aculeolata"
#> [3] "Chara aspera" "Chara aspera var. aspera"
#> [5] "Chara baltica" "Chara canescens"
#> [7] "Chara connivens" "Chara contraria"
#> [9] "Chara contraria var. contraria" "Chara contraria var. hispidula"
#> [11] "Chara globularis" "Chara globularis var. globularis"
#> [13] "Chara gymnophylla" "Chara hispida"
#> [15] "Chara hispida var. hispida" "Chara intermedia"
#> [17] "Chara pedunculata" "Chara virgata"
#> [19] "Chara vulgaris" "Chara vulgaris var. longibracteata"
#> [21] "Chara vulgaris var. papillata" "Chara vulgaris var. vulgaris"
#> [23] "Nitella" "Nitella capillaris"
#> [25] "Nitella flexilis" "Nitella flexilis var. flexilis"
#> [27] "Nitella gracilis" "Nitella hyalina"
#> [29] "Nitella mucronata" "Nitella mucronata var. gracillima"
#> [31] "Nitella mucronata var. mucronata" "Nitella opaca"
#> [33] "Nitella syncarpa" "Nitella tenuissima"
#> [35] "Nitella translucens" "Nitellopsis"
#> [37] "Nitellopsis obtusa" "Tolypella"
#> [39] "Tolypella glomerata" "Tolypella intricata"
#> [41] "Tolypella prolifera"In de vignette twn als hulp bij KRW-beoordeling kun je meer
lezen over hoe je twn in de praktijk kunt gebruiken. Gebruik
hiervoor vignette("krw_beoordeling").
These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.
Health stats visible at Monitor.