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El paquete perufaunads004 proporciona
un conjunto integrado de herramientas computacionales en R para la
validación taxonómica, reconciliación nomenclatural y consulta
del estado de conservación de las especies de fauna silvestre
amenazada y legalmente protegida en el Perú.
Integra de forma unificada los dos instrumentos rectores en la materia: 1. Decreto Supremo N° 004-2014-MINAGRI: La norma jurídica oficial que aprueba la lista de clasificación y categorización de las especies amenazadas de fauna silvestre legalmente protegidas en el país (535 taxones). 2. Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú (SERFOR, 2018): Publicación científica y técnica comprehensiva elaborada por el Servicio Nacional Forestal y de Fauna Silvestre (SERFOR) con comités de especialistas nacionales e internacionales, evaluando 528 taxones y proporcionando 381 fichas técnicas monográficas con justificaciones, mapas de distribución, presiones antrópicas y medidas de conservación.
El paquete está diseñado para resolver las tareas cotidianas que enfrentan biólogos, consultores ambientales (elaboración de EIA, DIA, PMA), investigadores académicos y gestores del SINANPE (SERNANP).
ds004_classify_spnames)A menudo los inventarios de campo o bases de datos históricas
contienen nombres científicos con autorías, años, comillas o epítetos
subespecíficos. ds004_classify_spnames() descompone y
estandariza cada componente:
nombres_inventario <- c(
"Tremarctos ornatus (F. Cuvier, 1825)",
"Telmatobius culeus (Garman, 1876)",
"Lama guanicoe cacsilensis Lönnberg, 1913",
"Penelope albipennis Taczanowski 1878",
"Tingomaria hydrophila"
)
clasificacion <- ds004_classify_spnames(nombres_inventario)
clasificacion |>
select(submitted_name, genus, species, subspecies, authorship)
#> # A tibble: 5 × 5
#> submitted_name genus species subspecies authorship
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 Tremarctos ornatus (F. Cuvier, 1825) Tremar… ornatus <NA> (F. Cuvie…
#> 2 Telmatobius culeus (Garman, 1876) Telmat… culeus <NA> (Garman, …
#> 3 Lama guanicoe cacsilensis Lönnberg, 1913 Lama guanic… cacsilens… Lönnberg,…
#> 4 Penelope albipennis Taczanowski 1878 Penelo… albipe… <NA> Taczanows…
#> 5 Tingomaria hydrophila Tingom… hydrop… <NA> <NA>fauna_matching)El núcleo del paquete es fauna_matching(), un motor
relacional inspirado en la lógica de wcvpmatch. Realiza una
búsqueda por niveles: 1. Exact match: Coincidencia
directa con el nombre aceptado. 2. Synonym match:
Resuelve sinónimos históricos o reubicaciones taxonómicas (por ejemplo,
Oreonax flavicauda se resuelve a Lagothrix
flavicauda). 3. Fuzzy match: Corrige errores
ortográficos y variantes tipográficas menores mediante distancia de
Levenshtein optimizada. 4. Genus match: Alerta si el
taxón fue consignado solo a nivel de género (ej. Telmatobius
sp.) e informa cuántas especies de dicho género están
amenazadas.
lista_campo <- c(
"Tremarctos ornatus", # Exacto (Oso de anteojos - VU)
"Oreonax flavicauda", # Sinónimo de Lagothrix flavicauda (Mono choro de cola amarilla - CR)
"Vultor gryphus", # Error tipográfico por Vultur gryphus (Cóndor andino - EN)
"Telmatobius culeus", # Rana gigante del Titicaca (CR)
"Sulcophanaeus actaeon", # Escarabajo pelotero (CR)
"Panthera leo" # Especie no listada en la fauna amenazada peruana
)
resultado_matching <- fauna_matching(lista_campo)
resultado_matching |>
select(
submitted_name,
matched_name,
match_type,
ds004_code,
libro_rojo_code,
clase,
common_name
)
#> # A tibble: 6 × 7
#> submitted_name matched_name match_type ds004_code libro_rojo_code clase
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 Tremarctos ornatus Tremarctos … exact VU VU Mamí…
#> 2 Oreonax flavicauda Oreonax fla… exact CR <NA> Mamí…
#> 3 Vultor gryphus Vultur gryp… fuzzy EN EN Aves
#> 4 Telmatobius culeus Telmatobius… exact CR CR Anfi…
#> 5 Sulcophanaeus actaeon Sulcophanae… exact CR CR Inve…
#> 6 Panthera leo <NA> no_match <NA> <NA> <NA>
#> # ℹ 1 more variable: common_name <chr>is_threatened)Para flujos de filtrado rápido en tablas con miles de registros:
especies_prueba <- c("Tremarctos ornatus", "Panthera leo", "Penelope albipennis", "Columba livia")
is_threatened(especies_prueba)
#> [1] TRUE FALSE TRUE FALSEget_ficha)Para las 381 especies en categorías de amenaza comprobada (CR, EN, VU), el paquete incluye el texto completo de las fichas técnicas redactadas por especialistas de campo:
# Consulta de la monografía de la Pava aliblanca (Penelope albipennis)
ficha_pava <- get_ficha("Penelope albipennis")
cat("Especie:", ficha_pava$species_name, "\n")
#> Especie: Penelope albipennis Taczanowski, 1878
cat("Categoría y Criterios UICN:", ficha_pava$ficha_categoria, "\n")
#> Categoría y Criterios UICN: CR / C2a, D
cat("Autores:", ficha_pava$autores, "\n\n")
#> Autores: V. R. Díaz, F. Angulo
cat("Distribución:\n", ficha_pava$distribucion, "\n\n")
#> Distribución:
#> Endémica peruana. Entre los 5º 25’ S - 79º 55’ W al norte y los 6º 39’ 25” S - 79º 22’ 30” W al sur, dentro del bosque seco ecuatorial de la región tumbesina, en la vertiente occidental de la cadena principal de los Andes, en los departamentos de Piura, Lambayeque y Cajamarca. Altitudinalmente, se le encuentra principalmente entre los 300 y 1100 m, aunque ha sido reportada hasta los 1400 m.
cat("Principales Amenazas:\n", ficha_pava$amenazas, "\n")
#> Principales Amenazas:
#> De acuerdo con el Plan Nacional para la Conservación de la Pava Aliblanca (Serfor, 2016), la problemática de la especie incluye caza y captura ilegal por parte de cazadores foráneos y comuneros, deforestación por actividades antrópicas y fragmentación de hábitat. La deforestación se produce por expansión de la frontera agrícola, mala práctica ganadera, tala del bosque natural para leña, carbón, o elaboración de artesanías, concesiones mineras, reducción de los ojos de agua o “jagueyes” debido a sobreexplotación agrícola. La fragmentación de hábitat proviene de la construcción de carreteras e incremento de tránsito vehicular, que generan barreras que afectan la dispersión y promueven el asentamiento de poblaciones humanas. Por otro lado, esta pava posee una serie de características biológicas que incrementan su sensibilidad frente a amenazas externas, como un ciclo que incluye una sola reproducción al año, monogamia y comportamiento territorial, nidada pequeña (uno a tres huevos o polluelos por pareja al año), madurez sexual tardía y una conducta evasiva y susceptible al estrés.También es posible imprimir un reporte formateado directamente en la
consola de R mediante
get_ficha(..., print_details = TRUE).
ds004_fauna: Los 535 taxones
protegidos bajo el D.S. N° 004-2014-MINAGRI, con categorías legales,
nombres comunes oficiales y notas normativas.libro_rojo_especies: Las 528 especies
evaluadas en la publicación técnica del SERFOR (2018).libro_rojo_fichas: Compendio íntegro
de 381 fichas técnicas monográficas elaboradas por especialistas con
texto de justificación, distribución, amenazas y conservación.fauna_backbone: Base relacional
unificada y optimizada para búsquedas y joins de alta velocidad.Para profundizar en los aspectos biológicos, metodológicos y normativos, consulte las viñetas especializadas:
These binaries (installable software) and packages are in development.
They may not be fully stable and should be used with caution. We make no claims about them.
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