| Title: | Spatial and Behavioral Analysis of Heatmaps |
| Version: | 0.1.0 |
| Description: | Tools for processing heatmap images, removing backgrounds, calculating automatic arena calibration, and extracting behavioral metrics such as thigmotaxis index, Gini behavioral coefficient, and center of mass. |
| License: | GPL-3 |
| Encoding: | UTF-8 |
| RoxygenNote: | 8.0.0 |
| Imports: | dplyr, ggplot2, imager, tidyr, magrittr, rlang |
| Suggests: | spelling |
| Language: | en-US |
| NeedsCompilation: | no |
| Packaged: | 2026-07-16 21:00:04 UTC; natal |
| Author: | Natallia Maia [aut, cre], Isabel Velasco [aut], Thalita Bezerra [aut] |
| Maintainer: | Natallia Maia <natalliavivian8@gmail.com> |
| Repository: | CRAN |
| Date/Publication: | 2026-07-24 09:30:15 UTC |
Calcular Metricas Comportamentais Universais
Description
Calcula o Indice de Tigmotaxia, Gini Comportamental, Distancia Media ao Centro e o Centroide de Permanencia ponderados pela intensidade do mapa de calor.
Usage
calculate_metrics(processed_heatmap, block_size = 8)
Arguments
processed_heatmap |
Objeto retornado pela funcao |
block_size |
Tamanho do bloco em pixels para a grade do Gini (padrao 8). |
Value
Uma lista com as 4 metricas calculadas e tabelas resumo.
Examples
# Criando dados simulados para testar a funcao sem precisar carregar uma imagem
mock_data <- data.frame(
x = c(10, 20, 30, 40),
y = c(10, 20, 30, 40),
zona = c("Centro", "Centro", "Borda", "Borda"),
intensidade = c(0.9, 0.8, 0.4, 0.1),
dist_centro = c(2, 5, 15, 18)
)
mock_geometry <- list(
centro_x = 15, centro_y = 15, raio = 20, limite_borda = 10,
limites_eixos = c(0, 50, 0, 50)
)
mock_heatmap <- list(data = mock_data, geometry = mock_geometry)
# Executando a funcao
calculate_metrics(mock_heatmap)
Plotar Analise Espacial Completa
Description
Gera um grafico contendo o rastro do animal, a divisao da arena e o Centroide de Permanencia.
Usage
plot_behavior(processed_heatmap, metrics)
Arguments
processed_heatmap |
Objeto retornado pela funcao |
metrics |
Objeto retornado pela funcao |
Value
Um grafico ggplot2.
Processar Heatmap e Extrair Geometria da Arena
Description
Esta funcao le a imagem do mapa de calor (PNG/JPEG), remove o fundo branco e calcula as coordenadas do centro geometrico e raio util da arena.
Usage
process_heatmap(file_path, proportion_center = 0.8)
Arguments
file_path |
Caminho para o arquivo de imagem do heatmap. |
proportion_center |
Proporcao do raio para definir a zona central (padrao 0.8). |
Value
Uma lista com o dataframe de pixels ativos e metadados geometricos.