Bonjour Thibaut
Merci beaucoup pour cette prompte réponse !
A toutes fins utiles je vous envoie en fichiers joints un extrait de ma
base de données sous deux formes : texte (15305adegenetextrait.txt) et
structure (project_data.stru) qui en est issu. J'ai vérifié sur cet
extrait que structure fonctionne normalement, et que la lecture avec
read.structure avec adegenet n'est pas possible : voir copie de la
console R (erreur_stru.txt).
J'ai repris l'importation avec le format genetix en ajoutant les xy à
partir d'un fichier txt, et read.table, ce qui semble avoir donné le
résultat escompté :
> obj1 <- read.genetix(file='2pop15305.gtx', missing=NA )
Converting data from GENETIX to a genind object...
...done.
> xycoord <- read.table(file("15305txy.txt"),header=TRUE)
> obj1$other$xy <- xycoord
> D <- dist(obj1$tab)
, mais chooseCN me renvoie un message d'erreur :
> gab <- chooseCN(obj1$other$xy, ask = FALSE, type = 2)
Erreur dans gabrielneigh(xy) :
NA/NaN/Inf dans un appel à une fonction externe (argument 5)
De plus : Warning messages:
1: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique
2: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique
et l'objet gab n'existe pas, je suis donc bloqué dans l'analyse.
*** remarques :
obj1$other$xy est de la forme :
x y
300 -15.9667 14.65
301 -16.3679 13.198
302 -13.1167 13.2167
303 -12.8167 14.3833
304 -14.9333 14.2833
305 -16.3 16.15
j'ai contrôlé que NA/NaN/Inf ne se rapporte pas aux coordonnées :
> any(is.finite(obj1$other$xy$x))
[1] TRUE
> sum(is.finite(obj1$other$xy$x))
[1] 305
> any(is.finite(obj1$other$xy$y))
[1] TRUE
> sum(is.finite(obj1$other$xy$y))
[1] 305
(il y a bien 305 génotypes et donc 305 coordonnées xy)
- si je remplace missing=NA par missing=0 ou missing="mean" comme
argument dans read.genetix, le message d'erreur reste le même.
Les messages du forum sont-ils accessibles par une adresse URL ? Cela me
permettrait peut-être d'appréhender déjà certains aspects plus
facilement et plus rapidement.
Je suis supposé rendre mon manuscrit mi octobre, je n'ai plus beaucoup
de temps pour me lancer dans de nouveaux traitements de données !!!...
A bientôt, encore merci
Didier
Thibaut Jombart a écrit :
Bonjour Didier,
Bonjour
Je suis actuellement en thèse à l'AgroParisTech, en génétique
animale. Je voudrais réaliser des ACPs telles que décrites dans vos
articles et dans le manuel de adegenet avec des données moléculaires
qui présentent des gradients géographiques réguliers apparemment sans
frontière détectable avec d'autres méthodes. Toutefois je me heurte à
un problème dès que je souhaite prendre en compte les données
spatiales et je souhaiterais avoir quelques précisions sur la façon
de procéder. En effet, pour une ACP classique je fais l'importation
des données à partir d'un fichier genetix ce qui se fait
correctement, mais avec ce format de fichier on ne peut pas insérer
les coordonnées spatiales.
Je pense que la meilleure solution est de lire les données génétiques
depuis le format GENETIX, puis d'ajouter les coordonnées spatiales à
l'objet créé.
Par exemple, en reprenant la doc de read.genetix:
## lecture d'un fichier de données
> obj <-
read.genetix(system.file("files/nancycats.gtx",package="adegenet"))
Converting data from GENETIX to a genind object...
...done.
> obj
#####################
### Genind object ###
#####################
- genotypes of individuals -
S4 class: genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
= "adegenet"))
@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
@ind.names: vector of 237 individual names
@loc.names: vector of 9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
@ploidy: 2
Optionnal contents:
@pop: factor giving the population of each individual
@pop.names: factor giving the population of each individual
*@other: - empty -
*## l'objet 'obj' ne contient pas de données spatiales
On peut ajouter tout type d'info dans le slot @other, qui est une
liste. Par exemple:
> obj@other$toto = "toto"
> obj
#####################
### Genind object ###
#####################
- genotypes of individuals -
S4 class: genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
= "adegenet"))
@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
@ind.names: vector of 237 individual names
@loc.names: vector of 9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
@ploidy: 2
Optionnal contents:
@pop: factor giving the population of each individual
@pop.names: factor giving the population of each individual
*@other: a list containing: toto *
On peut faire de même pour ajouter des coords spatiales. Dans
l'absolue, on peut leur donner n'importe quel nom, mais certaines
méthodes (e.g. la sPCA) cherchent les coords spatiales dans le
@other$xy. La seule difficulté, c'est que les coordonnées doivent être
dans le même ordre que les génotypes, qui est donné par obj@ind.names.
Ici, je simule des coordonnées spatiales dans une loi uniforme et je
les attribue à l'objet 'obj':
> xycoord <- matrix(runif(237*2),ncol=2)
> obj$other$xy <- xycoord
> obj
#####################
### Genind object ###
#####################
- genotypes of individuals -
S4 class: genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
= "adegenet"))
@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
@ind.names: vector of 237 individual names
@loc.names: vector of 9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
@ploidy: 2
Optionnal contents:
@pop: factor giving the population of each individual
@pop.names: factor giving the population of each individual
@other: a list containing: toto *xy *
Par la suite, on peut faire une ACP, et des représentations des scores
dans l'espace, et tout ce qu'on veut. Par exemple:
> X=scaleGen(obj,method="binom",missing='mean') # X est une matrice de
données alléliques centrée et normée pour la variance théorique des
allèles
Replaced 617 missing values
> library(ade4)
> pcaX = dudi.pca(X,cent=FALSE,scale=FALSE,scannf=FALSE) # analyse en
composantes principales sur X (ne pas recentrer et renormer, donc
"cent=FALSE,scale=FALSE")
> s.value(obj$other$xy,pcaX$li[,1],include.ori=FALSE,addaxes=FALSE) #
représentation de la première composante principale dans l'espace.
J'ai essayé avec le format structure (fichier project_data auquel
j'ai dû ajouter l'extension .stru pour que adegenet puisse le lire),
en mettant les coordonnées x et y en colonnes optionnelles. J'ai
obtenu un message d'erreur à la suite de la procédure d'importation.
Pour vérification, j'ai repris la procédure avec le même fichier sans
coordonnées x y, mais j'ai obtenu le même message que vous pourrez
lire dans la pièce jointe .txt qui est un "copier coller" de R.
Les fichiers d'origine ont été utilisés sans problème avec Genetix et
Structure.
D'accord. Il est possible qu'il y ait un bug dans read.structure. Si
c'est le cas, il me faut un échantillon de données pour reproduire le
bug et le corriger.
Je précise que je ne suis pas familier avec R, loin s'en faut !
Alors bienvenu ! Mais quoiqu'il arrive, ça ne sera pas un
investissement à perte.
Pouvez-vous m'indiquer comment importer un fichier avec les
coordonnées x y ? Est-il possible d'importer des fichiers en format
txt ?
Merci
Meilleures salutations
Didier Bouchel
Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à les poser sur le
forum adegenet (en anglais):
adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org
A bientôt,
Thibaut.
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35590 2 241 245 284 288 180 176 278 280 159 168 101 103 131 131 166 166 99 101 139 139 149 151 152 158 139 141 167 167 109 109
35591 2 233 235 297 282 180 176 278 278 153 166 101 101 120 133 154 166 99 99 139 146 147 156 160 160 141 141 -9 -9 119 117
35592 2 -9 -9 276 282 180 176 280 280 166 166 101 101 -9 -9 166 166 99 99 136 136 151 154 156 160 -9 -9 -9 -9 -9 -9
35593 2 220 241 287 276 180 180 278 280 153 165 103 103 120 120 166 166 99 107 136 146 149 151 150 158 141 141 -9 -9 -9 -9
35596 2 235 245 -9 -9 -9 -9 278 280 -9 -9 101 101 120 122 164 164 -9 -9 136 139 144 154 150 158 148 148 -9 -9 109 119
35597 2 243 245 -9 -9 -9 -9 278 268 -9 -9 101 101 120 128 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 167 119 119
35599 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 278 161 163 101 101 120 133 164 166 -9 -9 136 150 149 149 150 160 144 141 172 172 117 117
35600 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 282 159 165 101 101 120 120 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 144 139 -9 -9 119 119
35601 2 235 241 -9 -9 -9 -9 278 278 163 151 101 103 120 131 156 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 172 119 119
35602 2 -9 -9 -9 -9 -9 -9 273 278 159 176 101 101 -9 -9 154 156 -9 -9 136 139 144 154 152 152 -9 -9 -9 -9 119 119
35605 1 235 243 278 286 180 180 280 280 151 176 101 103 120 133 156 166 99 99 136 136 -9 -9 158 160 148 141 -9 -9 -9 -9
35606 1 233 233 291 297 180 180 278 280 153 176 101 101 120 133 154 154 99 99 136 146 151 151 158 160 141 141 172 172 119 117
35607 1 233 241 297 286 180 176 278 280 161 176 101 103 120 120 154 154 99 105 139 139 151 154 158 158 144 141 164 164 109 117
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35609 1 233 245 291 282 180 180 278 278 166 176 101 101 120 133 154 164 101 107 136 139 154 154 158 160 144 141 172 172 109 117
35610 1 233 243 287 297 180 180 278 280 153 166 103 103 133 139 154 154 99 107 136 136 147 151 160 160 141 141 164 172 109 119
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35615 2 241 245 278 291 180 180 278 278 159 159 99 103 120 120 154 164 99 107 136 136 147 147 152 158 141 141 166 167 119 117
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obj1 <- read.structure(file='project_data.stru', missing=NA )
How many genotypes are there? 50
How many markers are there? 15
Which column contains labels for genotypes ('0' if absent)? 1
Which column contains the population factor ('0' if absent)? 2
Which other optional columns should be read (press 'return' when done)? 1:
Which row contains the marker names ('0' if absent)? 1
Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object...
Erreur dans txt[(lastline - n + 1):lastline] :
les indices négatifs ne peuvent être mélangés qu'à des 0