00001 #ifndef MATRIX_SSCLME_H 00002 #define MATRIX_SSCLME_H 00003 00004 #include "sscCrosstab.h" 00005 #include <R_ext/Lapack.h> 00006 #include <R_ext/Constants.h> 00007 00008 SEXP ssclme_create(SEXP facs, SEXP ncv); 00009 SEXP ssclme_transfer_dimnames(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats); 00010 SEXP ssclme_update_mm(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats); 00011 SEXP ssclme_inflate_and_factor(SEXP x); 00012 SEXP ssclme_factor(SEXP x); 00013 SEXP ssclme_invert(SEXP x); 00014 SEXP ssclme_initial(SEXP x); 00015 SEXP ssclme_fixef(SEXP x); 00016 SEXP ssclme_ranef(SEXP x); 00017 SEXP ssclme_sigma(SEXP x, SEXP REML); 00018 SEXP ssclme_coef(SEXP x, SEXP Unc); 00019 SEXP ssclme_coefUnc(SEXP x); 00020 SEXP ssclme_coefGetsUnc(SEXP x, SEXP coef); 00021 SEXP ssclme_coefGets(SEXP x, SEXP coef, SEXP Unc); 00022 SEXP ssclme_EMsteps(SEXP x, SEXP nsteps, SEXP REMLp, SEXP verb); 00023 SEXP ssclme_fitted(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats, SEXP useRf); 00024 SEXP ssclme_variances(SEXP x); 00025 SEXP ssclme_grad(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Unc, SEXP OneVector); 00026 SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp); 00027 SEXP ssclme_Hessian(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp); 00028 SEXP ssclme_collapse(SEXP x); 00029 SEXP ssclme_to_lme(SEXP call, SEXP facs, SEXP x, SEXP model, SEXP REML, 00030 SEXP rep, SEXP fitted, SEXP residuals, SEXP terms, 00031 SEXP assign); 00032 00033 #endif